Kisah nabi Musa dan Khidir dituturkan oleh Al-Qur'an dalam Surah Al-Kahfi:66-82. Menurut Ibnu Abbas, Ubay bin Ka'ab menceritakan bahawa beliau mendengar nabi Muhammad SAW bersabda:
“Sesungguhnya pada suatu hari, Nabi Musa berdiri di khalayak Bani Israil lalu baginda ditanya, “Siapakah orang yang paling berilmu?”
Jawab Nabi Musa, “Aku”
Lalu Allah menegur Nabi Musa dengan firman-Nya, “Sesungguhnya di sisi-Ku ada seorang hamba yang berada di pertemuan dua buah lautan dan dia lebih berilmu daripada kamu.”
Lantas Nabi Musa pun bertanya, “Wahai Tuhanku, dimanakah aku dapat menemuinya?”
Allah pun berfirman, “Bawalah bersama-sama kamu seekor ikan di dalam sangkar dan sekiranya ikan tersebut hilang, di situlah kamu akan bertemu dengan hamba-Ku itu.”
Sesungguhnya teguran daripada Allah itu mencetuskan keinginan yang kuat dalam diri Nabi Musa untuk menemui hamba yang shalih itu. Di samping itu, Nabi Musa juga ingin sekali mempelajari ilmu dari Hamba Allah tersebut.
Nabi Musa kemudiannya menunaikan perintah Allah itu dengan membawa ikan di dalam wadah dan berangkat bersama-sama pembantunya yang juga merupakan murid dan pembantunya, Yusya bin Nun.
Mereka berdua akhirnya sampai di sebuah batu dan memutuskan untuk beristirahat sejenak karena telah menempuh perjalanan cukup jauh. Ikan yang mereka bawa di dalam wadah itu tiba-tiba meronta-ronta dan selanjutnya terjatuh ke dalam air. Allah SWT membuatkan aliran air untuk memudahkan ikan sampai ke laut. Yusya` terpegun memerhatikan kebesaran Allah menghidupkan semula ikan yang telah mati itu.
Selepas menyaksikan peristiwa yang sungguh menakjubkan dan luar biasa itu, Yusya' tertidur dan ketika terjaga, beliau lupa untuk menceritakannya kepada Nabi Musa a.s. Mereka kemudiannya meneruskan lagi perjalanan siang dan malamnya dan pada keesokan paginya, Nabi Musa berkata kepada Yusya` “Bawalah ke mari makanan kita, sesungguhnya kita telah merasa letih karena perjalanan kita ini.” (Surah Al-Kahfi : 62)
Ibn `Abbas berkata, “Nabi Musa sebenarnya tidak merasa letih sehingga baginda melewati tempat yang diperintahkan oleh Allah supaya menemui hamba-Nya yang lebih berilmu itu.”
Yusya’ berkata kepada Nabi Musa, “Tahukah guru bahawa ketika kita mencari tempat berlindung di batu tadi, sesungguhnya aku lupa (menceritakan tentang) ikan itu dan tidak lain yang membuat aku lupa untuk menceritakannya kecuali syaitan dan ikan itu kembali masuk kedalam laut itu dengan cara yang amat aneh.” (Surah Al-Kahfi : 63)
